João Miguel Mota estreou-se em 1998 na peça Noite de Reis de William Shakespear, com encenação de Ricardo Pais, no Teatro Nacional S.João.

Em 1999, acaba o curso de teatro na ESMAE.

Em 2000, trabalha com o Teatro Plástico, no espetáculo Projecto X, com os textos A Nova ordem Mundial de Harold Pinter e Flop Cop de Laura Cunningham, encenado por Francisco Alves. Integra nesse mesmo ano o elenco fixo do Teatro Experimental do Porto, onde esteve até 2002. Destaca os seguintes espetáculos: Tempo de Festa, de Harold Pinter, encenado por Júlia Correia; O Café, de Rainer Werner Fassbinder, encenado por rui silva. Titus Andrónicus ,de William Shakespear, encenado por Norberto Barroca.

Em 2003, trabalha com a companhia Teatro Seiva Trupe, no espetáculo musical Saltimbancos, de Chico Buarque, encenado por Gabriel Vilela. Nesse mesmo ano fez o exercício final de licenciatura com Álvaro Correia, no espetáculo Quatro Em Beckett, com três textos de Samuel Beckett, onde destaca a sua participação na peça Play.

Em 2004, trabalha com o Teatro Experimental do Porto, onde destaca os espetáculos: Esopaida, de António José da Silva, e A Cantora Careca, de Ionesco, ambos encenados por Norberto Barroca.

Em 2005, trabalha no Teatro Mundial, no espetáculo Querido Ché de Abel Neves, encenação de Almeno Gonçalves. Fez também figuração Teatro Nacional São Carlos na ópera Ouro do Reno, de Richard Wagner, encenado por Graham Vick.

De 2007 a 2008, trabalhou no Teatro Nacional D.MariaII com Claudio Hochman, nos espetáculos: Sonho de uma noite de Verão de William Shakespeare, uma versão musical, onde desempenhou o papel de Obéron; e Fungágá MP3, espetáculo musical com musicas de José Barata Moura.

Em 2009, trabalha com o Teatro Infantil de Lisboa, nos espetáculos: A Fera Amansada de William Shakespeare, onde desempenhou o papel de Petruchio; e O Corcunda de Notre Dame, a partir do texto de Alexandre Dumas, ambos encenados por Fernando Gomes.

Em 2010, trabalha com a Propositário Azul, no espetáculo A Rullote, direcção de Nuno Nunes, inserido no festival de rua FIAR; e trabalha com o TEP, no espetáculo A Morte de um caixeiro-viajante de Arthur Miller, com encenação de Gonçalo Amorim.

Em 2011, trabalha com o Teatro Nova Europa, no espetáculo Teleganza, com encenação de António Durães. Missa do Galo de Carlos T. com encenação de Luísa Pinto no Cine Teatro Constantino Nery, Do alto da Ponte de Arthur miller, com encenação de Gonçalo Amorim no TEP. Sicrano de Bergerac de Jorge Louraço, com encenação de Luisa Pinto, no Cine Teatro constantino Nery.

Em 2012, faz reposição de Missa do Galo no Teatro da Trindade. Chavela de Filipe Pinto e Pedro Pinto, com encenação de Luisa Pinto no Cine Teatro Constantino Nery. O dia do Santo John Whiting, com encenação de Gonçalo Amorim no TEP.

Em 2013, faz o espetáculo musical Zorro, com encenação de Rui Melo, no Teatro Rivoli. Os negócios do Senhor Júlio Cesar de Brecht, com encenação de Gonçalo Amorim, no Teatro Nacional S. João.

Em 2014, faz espectáculo Felizmente ao Luar, com encenação de António Júlio no TEP. Cabaret de Hollanda a partir da Gota d’Água com encenação de Susana Oliveira no Café Pinguim. Não dá trabalho nenhum co-criação de Gonçalo amorim, Rui Pina Coelho, João Miguel Mota e Inês Pereira, projecto em desenvolvimento no TEP.